Jest to najstarszy kościół Cystersów w Polsce. Zbudowany został jeszcze za życia św. Bernarda z Clairvaux, sięga 1140 r., a w pewnych zachowanych fragmentach okresu jeszcze wcześniejszego, bo ok. 1110 r.
Po przybyciu w 1140 r. do Brzeźnicy (Jędrzejowa) cystersi rozpoczęli budowę 3-nawowej bazyliki, za wzór posłużył kościół opactwa Cystersów w Fontenay, w pn. Burgundii. Uroczystego aktu poświęcenia nieskończonego jeszcze wtedy kościoła dokonał arcybiskup gnieźnieński Jan i biskup krakowski Gedko 20 X 1166 r. , w święto przeniesienia relikwii św. Wojciecha-. Prawdopodobnie 20 VIII 1210 r. biskup krakowski Wincenty Kadłubek dokonał konsekracji ukończonego kościoła, poświęcając go Błogosławionej Marii Dziewicy i św. Wojciechowi biskupowi i męczennikowi.
Zbudowany kościół pozbawiony był wg zasad cysterskich wież i zwrócony prezbiterium ku wschodowi. Bezwieżowa bryła kościoła zakończona była gładkimi szczytami a w oknach umieszczono bezbarwne witraże. Kamienną posadzkę wyłożono w XIII w. glazurowanymi płytkami. Również do 2 pół XIII w. zgodnie z zakazem stosowania wystroju rzeźbiarskiego i malarskiego mnisi modlili się w surowych murach.
Zgodnie z zasadą architektury cysterskiej kościół posiadał tylko jedno wejście w fasadzie zachodniej.
Po śmierci Wincentego Kadłubka pochowano go w środku chóru przed głównym ołtarzem. Wnękę grobową nakryto, zgodnie z obowiązującym wtedy nakazem zakonnym, płytą nagrobkową równo z posadzką (przetrwała ona do 1633 r.).
Ok. 1475 r. gruntownie remontowano kościół, wprowadzając do niego gotyk. Pod koniec XV w. znajdowały się w kościele liczne cenne dzieła mistyki rzeźbiarskiej oraz malarstwa, niektóre autorstwa Wita Stwosza.
Kolejnej przebudowie uległ w latach 1728—54 przez opata Wojciecha Ziemnickiego, po pożarze jaki zniszczył go w 1726 r. W wyniku przekształceń z romańskiego nabrał cech gotyckich i barokowych. Następny pożar, jaki nawiedził Jędrzejów w 1800 r. spowodował zniszczenie klasztoru. Spaliła się wtedy niezwykle cenna biblioteka z rękopisami św. Bernarda i bł. Wincentego Kadłubka. W 1872 r. doszło do zburzenia romańskiego kapitularza, który należał do nielicznych i bardzo cennych pomników budownictwa romańskiego w Polsce. Z kompleksu klasztornego nie dochował się również do naszych czasów XV-wieczny pałac, opacki i wspaniały ogród przyklasztorny, założony w XVI w. W czasie I wojny rozebrane zostały także stare wysokie mury z 7 wieżyczkami okalające klasztor. Obok kościoła znajduje się barokowa dzwonnica z płytą upamiętniającą pobyt Kościuszki w klasztorze oraz brama wjazdowa w murze cmentarnym z pół. XVIII w.
Dziś uwagę zwraca późnobarokowa, dwuwieżowa fasada kościoła , usytuowana od wsch. Pochodzi z 1. 1751-54, dobudowana do przedłużonego w 1731 r. prezbiterium. Pełni funkcję dekoracyjną, a jest dziełem nieznanego architekta śląskiego z kręgu słynnego czeskiego arch. Kiliana Ignacego Dientzenhofera. Dwu-kondygnacyjna, posiada układ trójosiowy. Dwie ozdobne, półkoliste nisze w pierwszej kondygnacji mieszczą na postumentach kamienne figury nieznanych biskupów-cystersów. Druga kondygnacja ma puste nisze - figury zniszczone zostały w 1914 r., podobnie jak ozdobne wazony, które stały na narożnych wolutach trzeciej kondygnacji. Wysokie na ok. 30 m wieże wieńczą podwyższone hełmy projektu arch. F. Mączyńskiego. Pd. wieża miała dawniej sygnaturkę, a wieża pn. posiadała zegar wydzwaniający melodię „Boże coś Polskę", przeniesiony po 1852 r. do dzwonnicy.
