Historia powstania Kolei Jędrzejowskiej sięga I wojny światowej. W lutym 1915 roku wojska austriackie dla potrzeb militarnych wybudowały pierwszy odcinek polowej linii wąskotorowej o prześwicie 600 mm od Jędrzejowa do Motkowic.
Po cofnięciu się frontu austriacko-rosyjskiego znad rzeki Nidy rozpoczęto budowę dalszego odcinka linii do Hajdaszka, Sędziejowic i Chmielnika, a następnie przez Raków Opatowski do Bogorii.
Łączna długość tej kolei wynosiła 86 km.
Drugą linią wąskotorową zbudowaną przez władze austriackie w 1917 r była linia z Posądzy do Kocmyrzowa, gdzie łączyła się z normalnotorową koleją lokalną. Równocześnie w tym rejonie wybudowano trzecią linię wąskotorową o długości 38 km wiodącą z Miechowa do Działoszyc. W roku 1924 starostwo pińczowskie podjęło decyzję budowy odcinka linii od Pińczowa do Hajdaszka, stawiając również w Pińczowie parowozownię. Zarząd Pińczowskiej Kolei Wąskotorowej rozpoczął pracę przy budowie linii od Pińczowa przez Wiślicę do Kazimierzy Wielkiej, gdzie znajdowała się Cukrownia "Łubna" i duża Cegielnia Odonów. Później zbudowano linię od Kazimierzy Wielkiej do Posądzy i od Kazimierzy Wielkiej do Działoszyc.
W obliczu kryzysu gospodarczego 1 stycznia 1930 r. nastąpiło przejęcie całej kolei wąskotorowej przez Zarząd Kolei Państwowych.
Łączna długość wszystkich linii wynosiła 308 km, a nad całością czuwał zarząd z siedzibą w Jędrzejowie.
W okresie międzywojennym unowocześniono infrastrukturę techniczną kolei budując parowozownie w Jędrzejowie, Kazimierzy Wielkiej i Bogorii. Zasadniczym celem i przeznaczeniem połączonych kolei był przewóz płodów rolnych, buraków, wysłodków, cukru, węgla, gipsu, drewna z wyrębu lasów, obsługę młynów, tartaków, gorzelni, kamieniołomów i lokalnych cegielni.
Ważnym zadaniem kolei był także przewóz pasażerów pomiędzy wioskami i miastami, wynikający z braku w tym regionie dróg bitych. Znaczenie przewozów pasażerskich jeszcze bardziej wzrosło w czasie okupacji niemieckiej, ponieważ na kolejach wąskotorowych nie obowiązywały takie ograniczenia jak na kolei normalnotorowej. W dużej mierze z przejazdów koleją korzystały grupy organizacji podziemnych działających na terenie Kielecczyzny, dzięki współpracy ze służbą liniową kolei, która składała się wyłącznie z polskiego personelu. Na przełomie lat 1950/51 zaczęto przekuwanie całej sieci torów kolei z szerokości 600 mm na 750 mm. Wiązało się to z sukcesywnym otrzymywaniem nowego taboru przystosowanego do większej szerokości toru. W 1951 r. wprowadzono parowozy Px48 i Px49 produkcji polskiej z Chrzanowa oraz wagony w/t o ładowności do 17 ton. Przełom lat 60. i 70. to wprowadzanie do eksploatacji importowanych z Rumunii lokomotyw spalinowych z serii. Lxd2, a lata 70 to wprowadzenie do eksploatacji transporterów do przewozu na nich wagonów normalnotorowych. Największe nasilenie się przewozów pasażerskich i towarowych zanotowano w 1966 r., później następował systematyczny ich spadek.
Sukcesywnie, w miarę spadku zapotrzebowania na przewozy pasażerskie i towarowe, następowało zawieszanie kursowania pociągów pasażerskich oraz ograniczenie ruchu towarowego by z dniem 1 lutego 1993 roku zawiesić ruch całkowicie. Ostatni pociąg pasażerski został zlikwidowany w 1997 r.
Z myślą o turystach pragnących rekreacji i wypoczynku w przepięknym nadnidziańskim krajobrazie, utworzono specjalny wąskotorowy pociąg turystyczny "Ciuchcia Express Ponidzie".
Jako ciekawostkę należy wspomnieć że pierwszy polski parowóz wąskotorowy Tx26-422 został specjalnie zbudowany dla Pińczowskiej Kolei Wąskotorowej (obecnie w Muzeum Kolei Wąskotorowej w Wenecji)
